公司注销后，如果有虚开进项发票，是可以查的出来的，只不过因为主体已经注销了，即使已经查出来有虚开发票，税局也已经无法追究虚开发票的违法责任了，如果是注销之前发现，就可以按税法规定追究相应法律责任的。