小规模纳税人进项税额不能抵扣是税法（增值税条例和营改增）规定的，它们的应纳税额=销售额×征收率，它们买东西，对方要开发票（发票是普通发票），也有进项税额，只不过这个进项税额不能抵扣。

小规模纳税人适用征收率3%，与一般纳税人基本税率13%比起来差了不少，相当于抵扣了进项税额（可以这么理解）。