如果是对方扣了你的款项，并且给你开具了发票，你可以根据你们实际的业务，做相应的分录。

借：库存商品等 应交税费-应交增值税-进项税额，

贷：预付账款等。

如果是你开具了发票给对方，则是：

借：预收账款等，

贷：主营业务收入 应交税费-应交增值税-销项税额。