水利基金属于地方政策，有的地方征收，有的地方不征收，具体政策和税率以当地规定为准。 一般按经营收入的千分之一缴纳。

《财政部 国家税务总局关于扩大有关政府性基金免征范围的通知》(财税[2016]12号):将免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金的范围,由现行按月纳税的月销售额或营业额不超过3万元(按季度纳税的季度销售额或营业额不超过9万元)的缴纳义务人,扩大到按月纳税的月销售额或营业额不超过10万元(按季度纳税的季度销售额或营业额不超过30万元)的缴纳义务人。