公司员工出差报销的差旅费一般是根据员工所属的部门来确认对应的科目，管理部门的人员出差的计入管理费用—差旅费，销售部门人员出差的费用计入到销售费用—差旅费。如果取得的发票可以抵扣的，还应该确认对应的进项税额。