个人独资企业生产经营所得，在自然人申报管理系统里面进行申报，企业先注册账户，登陆自然人申报管理系统，在页面的上方选择生产经营所得申报，然后进入生产经营所得税纳税申报表，按照收入成本费用相关的项目填写，会自动计算出应纳税所得额，提交申报，并扣缴对应的税额即可。