个体工商户申请增值税发票的流程是：提供营业执照，公章，发票专用章，法人代表身份证，经办人身份证等资料，去税局填写票种核定申请审批表，交给发票审批窗口办理发票申领手续，然后就可以根据审批情况领取相应份数的发票了。