分公司非独立核算与独立核算主要的区别就是企业所得税的申报不同。分公司非独立核算，企业所得税根据总公司分配的结果进行企业所得税的申报。分公司独立核算，企业所得税根据利润表的营业收入，营业成本，利润总额数据填写申报。