物流公司运费账务处理，分为以下情况：

1.物流公司自己支付的进货运费，计入采购货物成本，会计分录如下：

借：库存商品/原材料，

贷：银行存款/应付账款。

如果外购货物用于了增值税应税项目，取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。