青苗补偿费不属于增值税征收范围，公司和农户都无法申请开具增值税发票。企业支付青苗补偿费时，可以根据取得该村村委会出具的印有财政监制章的合法收据、双方补偿协议即能入账，其会计分录如下：

借：在建工程，

贷：现金(银行存款)。