根据《中华人民共和国土地管理法》第四十七条规定，征用耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物和青苗补偿费。既然青苗补偿费不属于增值税征收范围，公司和农户都无法申请开具增值税发票。

因此，企业支付给农户的青苗补偿费，可以结合补偿协议、相关政府部门文件等证明材料，以收款人的收款收据确认入账，主管税务部门将确认其为合法有效的凭证。