农民工工资保证金计入“其他应收款—工资保证金""科目核算，其会计分录如下：

借：其他应收款—工资保证金，

贷：现金/银行存款。

因为农民工工资保证金属于押金的一种形式，到时候可以收回来的，是资产类科目的其他应收款。