公司未扣员工个税但是申报缴纳了怎么处理，正常申报就好，差额计入其他应收款，下个月再从员工工资里扣。根据个人所得税法及相关规定，从今年1月1日起，扣缴义务人向居民个人支付工资薪金所得时，按照累计预扣法预扣预缴个人所得税。累计预扣法，简单来说就是将纳税人在本单位年初以来的全部工薪收入，减去年初以来的全部可以扣除项目金额，计算年初以来应预缴的全部税款，再减去之前月份已经预缴的税款，就能计算出本月应该预缴的税款。