企业支付的电子商业汇票系统使用费可以计入“管理费用—电子汇票使用费”科目核算，其会计分录如下：

借：管理费用—电子汇票使用费，

贷：银行存款。

电子商业汇票是指出票人依托电子商业汇票系统，以数据电文形式制作的,委托付款人在指定日期无条件支付确定的金额给收款人或者持票人的票据。