合同金额与实际开票金额不一致是有影响的。正常情况下需要做到实际开票金额与合同签订的金额一致才是的，因为不一致那说明是合同有问题或者开具发票金额不对，这样是经不起验证的，说明至少有一个信息是有错误的。