该纳税人未清卡不允许申领发票处理：

纳税人在抄报税期内,需要登陆增值税发票系统完成抄税清卡操作后才可以申领发票；非抄报税期内，无需进行抄税清卡操作即可申领发票。

登陆开票系统，报税处理，然后点击清卡，清卡后才可以申领发票。