代付农民工工资不需要开票，代为施工方支付的，从工程款里面扣减应该支付的款项。

甲方收到乙方开具的建筑服务发票，

借：在建工程，

借：应交税费-应交增值税-进项税额，

贷：应付账款等，

代乙方支付农民工工资的时候，

借：应付账款，

贷：银行存款。