企业所得税汇算清缴后，应纳税额为负数的，一般分为两种处理方式，一种情况是企业平时季度有申报预缴所得税，这种情况下企业应该申请退税，将预缴的金额退还，另外一种是企业平时预缴，这样形成的亏损金额可以以后弥补。