企业支付的增值税滞纳金应该用营业外支出科目进行核算，企业用留底税额的金额进行抵减的时候，冲减营业外支出科目的金额就可以了，其具体的分录如下，

借：营业外支出—税收滞纳金，

贷：应交税费—应交增值税—留底税额。

另外需要说明的是，实操中很少有这种情况的，一般税收滞纳金需要单独缴纳。