增值税发票网上认证一般有两种方式，一种方式是企业用税控盘登陆到当地增值税发票勾选确认平台进行勾选认证，另外一种方式是企业先用对应的税务软件将增值税发票的数据进行采集，然后上传到当地电子税务局网站进行认证。