通行费增值税电子普通发票可以按发票金额的3%进行计算抵扣，高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1 3%）×3%。在申报的时候，可以在增值税发票勾选系统里面进行勾选认证，然后再申报的时候读入抵扣。