企业所得税汇算清缴时工资总额包含研发费用工资。包括所有的工资，包括计入管理费用，制造费用，生产成本，制造费用，研发费用等科目中的工资薪金，但是不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。