如果是因为交易双方已停止交易，或者是因为开户行或账号名有错误等原因，企业对公账户打款是可以申请退款。前者企业要求对方退款时候，可以让对方出具一个便函，这样的话，税务机关也不会追究相关税务问题，后者需要企业自己说明情况。