发行股票支付的佣金手续费计入资本公积—股本溢价，具体会计分录如下：

溢价发行股票时，

借：银行存款，

贷：股本(股票面值)，

资本公积—股本溢价，

支付股票的手续费时。

借：资本公积—股本溢价，

贷：银行存款。

股本溢价，主要指股份有限公司溢价发行股票而产生的，股票发行收入超过所发股票面值的部分扣除发行费后的余额。