1、所属科目不同：存入保证金属于应付款科目，而存出保证金属于应收款科目。

2、定义不同：存入保证金是其他企业存入本企业的，而存出保证金是本企业对外存出的。

3、还款主体不同：存入保证金需要本企业进行偿还，而存出保证金需要其他企业偿还本企业。