汇算清缴时总公司和分公司报表是需要合并的。首先需要将总分公司的数据进行合并处理，因为在独立核算的时候，总公司和分公司都是作为单独的主题进行核算的，而现在是要将总分公司作为一个主体编制合并报表，再根据合并报表去申报纳税。