离职员工奖金个税应由发放的公司代扣代缴，即原工作公司。个人所得税的代扣代缴法定义务人是支付方，原工作公司支付离职员工离职前所应分配的奖金，理应由原工作公司进行扣缴。如果未扣，后期检查时，主管税务机关将会追究责任。