出口退税发票可以跨年勾选，需要注意的是，商贸类的企业不同年度出口业务的退税应分别进行申报，不能把不同年度出口的退税放在一个所属期内，如果在跨年度申报上年出口的业务时，不是一次性申报完的，则应该进行分批申报。