代发工资和企业自行转账支付工资的区别在于以下几个方面：

1、处理的数量，银行代发可以一次输入后一键转账，而自行转账，则一般需要单个单个来支付。

2、私密性方面，银行代发工资可以使工资发放更为私密，能减少劳务纠纷。而自行转账，则私密性要差。