运输公司，应该根据实际提供的业务与客户进行结算，对运输公司来说，应该根据运费结算单来开具对应的运输费发票，并做如下分录：

借：应收账款—XX公司，

贷：主营业务收入—运输收入。

应交税费—应交增值税—销项税额。