作废申报与更正申报的区别主要在于操作后的效果，对于作废申报来说，企业申请作废申报后，就已经没有数据了，如果过期了仍未申报，则要按未申报来处理，而更正申报则在操作后，申报数据仍然存在，不会按未申报来处理。